由于直营连锁具有上述优点，因此，从国内外连锁经营的发展过程来看，直营连锁一直处于主流地位，被大量的连锁企业所采用，但从国内外连锁经营的实践来看，直营连锁也存在着缺点体现在以下三个方面。
(1)资金投入大，扩张速度慢。由于直营连锁由公司总部统一开发，投资主体单一，在开办众多门店时，需要投人大量的资金，若企业资金不足，企业的发展速度和连锁规模的扩展将会因此而受到限制，不能及时取得规模效益，影响连锁企业的发展。
(2)企业总部承担的风险大。与其他连锁形式相比，在直营连锁中，各门店开发投资均由企业总部独自投资进行的。由于各门店的地理位置、经营管理等原因，可能会致使部分门店经营失败，此时，直营连锁总部就要承担所有的风险。
(3)不利于调动门店员工的积极性。在直营连锁中，各门店由总部按一定的规章制度和标准的操作流程统一管理，各门店没有经营自主权，门店的经营效益与员工的利益关系不够密切，不利于充分调动各门店员工经营管理的主动性、积极性和创造性。
