连锁总部作为本连锁系统的首脑机关，理所当然应承担起对各门店及加盟者的指导与考核职能。指导与考核的内容主要体现在以下三个方面：
1.指导门店和加盟者的经营管理活动
连锁经营是个系统工程，需要高度的分工和紧密的协作，在连锁经营中，连锁门店的经营效益主要取决总部的控制指导能力和物流配送的营运能力。因此，连锁总部要按规定的程序和要求做好门店及加盟者的指导工作，加强总部与门店联系，快速地把总部的经营理念、经营方针、经营技术和经营管理制度等传播给各门店，促使门店按总部的意图和要求开展经营管理活动，以提高整个连锁系统的经营效益。
2.收集分析经营信息，及时传输给门店
现代市场竞争需要准确而适量的市场信息作为连锁企业经营管理的基本依据。在连锁系统中，为了更有效地收集和处理市场信息，降低信息成本，提高信息的质量和适用性，连锁总部承担着收集分析并向门店传输市场信息的重任。因此，连锁总部应设立信息情报部门，专门收集政治经济、科学技术、风俗习惯和市场变动等方面经营信息，经过分析、归纳和总结等程序，提炼出适用于本连锁系统的经营信息，及时地传输给有关部门或门店，从而促进连锁经营管理活动的正常开展。
3.对门店的经营绩效进行考核评价
门店是连锁系统的基层组织，门店的经营绩效直接决定着连锁系统的经济效益及发展。为了促进各门店工作，提升门店经营管理水平，连锁总部应制订科学的考核制度和指标体系，选择合理的考核方法，对各门店进行认真考核评价，并根据考核结果，对绩效显著的门店实行奖励，反之，则应给予适当惩罚。
