连锁零售企业的税金管理原则上由总部统一核算，统一交纳，统一管理，总部要设置应交税金总账、明细账，根据总账、明细账编制有关报表，定期缴纳税金。缴纳办法如下：对于总部和各分店属于同一法人的连锁零售企业，如总部与所属店铺在同一区域内的，由总部向税务及工商部门登记注册，统一缴纳增值税、所得税及其他各种税赋，统一办理法人执照及营业执照，店铺只办理经营执照，国家对企业在税收上的优惠政策，也由税务部门直接对连锁总部;总部和所属店铺不在同一区域内，可由总部向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税，各分店没有此项义务。如果各分店铺处于委托法人的地位，可实行属地纳税。对于均为独立法人的特许连锁和自愿连锁零售企业，其纳税地点不变，由各独立核算门店分别向所在地税务机关申报缴纳增值税。
