当店主提出加盟申请后，加盟总部为了慎重起见，往往要对申请加盟的店铺或投资者进行十分严格、周密的调查研究，例如：店铺的地理位置、与公司合作的诚意、店主或投资者的财务状况、销售能力等，在综合考查上述诸多因素后才予以敲定。一旦总店接受加盟者的申请，就可以允许加盟店使用总部特有的商标、连锁店名和字号，使用总部开发的生产、加工、销售、服务及其他经营方面的技术，总部在合约有效期内应持续提供各种指导和帮助，这种后续服务目的在于帮助加盟者了解、吸收和复制特殊技术，并在开业之后尽快走上正轨，取得收益。
加盟店在取得这些权利时要付出一定代价，即要向总部交纳一定费用。一般情况下，加盟者在签订特许合约时，要一次性交纳一笔加盟金，各特许连锁组织的加盟金视自身情况而定。对于总部提供的指导、服务、统一开展的广告宣传，加盟店则要按合约规定每月向总部交纳特许权使用费和广告费等，这些费用将根据加盟连锁组织开发的先后、加盟店数量的多少、总店知名度的高低、总店服务内容的不同而不同，有的是按毛利、销售额提成，有的则是制定一个定额。
总之，特许经营要取得成功，关键在于加盟总部和加盟者双方的通力合作。一方面总部本身要经营有法;另一方面需要加盟者全力配合，共同努力。成功的连锁总部，一定会十分重视每一间加盟店的经营情况，而不是撒手不管，任其发展，而是将自己的利益与加盟店的利益连在一起，加盟店生意好，总部才有利可图，如果加盟店生意欠佳，总部的利润也会受影响。只有这样，总部和加盟店之间才能建立一个互利互惠的关系，双方才会为同一个目标努力把特许事业搞好。
