特许连锁总部是统率众多加盟店的大本营，总部机构是否完善，职能是否健全，将直接影响特许业务的开展。因此，在向外出售特许权之前，总部应首先对自己内部的机构设置以及每一机构所担负的职能进行一番审视，分析一下是否能满足特许经营的需要。
总部机构的设置根据不同行业的具体业务可以采取不同方式，没有一个完全适用的标准架构。在零售行业中，一般情况下，总部应设置如下机构：在总部所设置的各个机构中，应承担起以下基本职能：
1.系统开发职能。
总部负责整个组织功能的有机结合，制定长远发展规划，使整个连锁系统发挥最大效率，而不是仅仅关注某一个加盟店。
2.采购供应职能。
总部应负责各个直营店和加盟店所需商品、原料、材料、设备及其他物品的采购，并及时配送。
3.商品与服务开发职能。
总部负责开发区别于竞争对手的独具魅力的商品和服务，并以合适的价格与快捷的方法供应给加盟店。同时，还要根据市场环境的变化，及时改进商品与服务的质量、结构和销售方法等。
