物流配送中心的运作方式包括采购、加工、分装、配组、仓储等环节。
采购：连锁经营企业的采购，是根据各个店铺的要货计划，由配送中心汇总，结合总部的要求和市场供应情况，制订采购计划，统一采购商品和物料。
加工：配送中心所采购的商品并不是所有的都直接在各店铺出售，因为供应商提供的往往是原始形态的实物，如鲜活商品和农副产品，配送中心必须对其进行简单的加工。
分装：配送中心为了降低购货成本，在制订采购计划时是汇集所有店铺的要货情况，往往是大批量购进，不可能是按每个店铺的个别要求少量购进，如果直接让大批量进的商品直接在店铺出售，不但会造成积压，而且会使连锁店失去方便顾客购买的优势，所以，配送中心要根据各店铺的要求，按照方便顾客购买的经营方针，对大批量购进的商品进行分装，缩小包装。
配组：各店铺的商品销售情况不同，所提出的要货计划也不同。配送中心不可能对每个店铺在同一时间提供相同品牌、相同数量的商品，为此，配送中心在采购商品后，要进行配组后再进行分送。
仓储：连锁店和其他商店一样，有常年销售的商品，也有一些季节性的商品，如果对常年销售的商品，在各店铺每次发出要货计划后，配送中心再到市场上采购，势必增加成本和采购费用，也不可能最大限度地享受到批量的优惠。这就要求配送中心在保证商品储存品质的限度内大批量购进，在店铺提出要货计划时，就直接调运分送。对季节性产品，配送中心也应保持一定的仓储量，以保证销售需要。
