连锁经营与个体经营在运作上的最大区别是，连锁经营一切都讲求制度化，每一间分店从设备、生产过程、服务质素，甚至员工制服等，都要符合总部所定下的标准。为了保证每一间分店运作一致，总部所定下的手册应巨细无遗，并严格执行，目的是为了统一管理，同时可让那些缺乏专门知识的加盟者尽快熟悉业务，提高工作效率。如果没有操作手册，加盟者各自的文化知识背景不同，各人的管理手法不同，做出来的服务质量也不同，这就会严重影响连锁经营的统一形象。因此，一个运作优良的特许经营事业，往往会有一个完整严密的操作手册。
在特许经营初期，很多总部都会将相当大精力放在如何制作操作手册上。操作手册并不是简单地将知识用白纸黑字写下来，而是有系统地将操作工序以最方便查阅及更新的方法记下来。操作手册可让加盟商随时参考正确工序，也可以作为总部在法律上对加盟商运作进行约束的一个依据。大多数总部在初期创业时所制作的操作手册比较简单，然后在以后长期的实践中不断增加完善。如麦当劳的操作手册，初期只是在店铺卫生、食物分量及服务态度方面有严格的要求，后来，随着事业的成长，操作手册的内容发展到指导加盟者如何跟进货品的出入、账目的管理、工作进度的制定等。其实，从长远眼光看，初期花大精力投资在操作手册上是明智之举。
