后续加盟费包括总部对加盟店的管理服务费用和广告费用等。上述费用可以分为加盟店开业前交纳的前期加盟费用及开业后运作时交纳的后续加盟费用两大类。前期加盟费用包括了总部招募、评估、培训、寻找地址等全部费用，在有些情况下，它还包括了特许体系不断成熟和商誉提高而增加的特许权费用。如何确定前期加盟费用水平，有人认为应尽可能降低前期费用以便加盟者的开办费用能降至最低;另一些人认为应定得高些，因为前期费用是总部获得收益的重要来源，这样总部可以立即获得大量现金收人和利润，并解决了业务经营所面临的问题。
其实，特许经营与其他业务一样，都需要经过一定时期发展才能开始盈利，这一时期大约为3~5年，总部必须筹备足够的资金以维持盈利前的经营，所以，想在短期内通过加盟金解决总部资金上的困难是不现实的。一般情况下，前期加盟费用占加盟者全部投资的5%~10%，例如，如果开办一家特许加盟店的投资是50万~60万元，则前期的特许加盟费在2.5万~6万元之间，当然，对于那些声望较高利润也较高的特许总部来说，这笔费用可能高于5%~10%。后续加盟费用是加盟者开业后每隔一定时期都必须支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括总部对加盟店的管理服务费用和广告费用等，一般按收入的百分比提成，也有的确定一个固定费用。
确定固定费用尽管能保持总部的收入水平不致下降，但若考虑到通货膨胀因素和将来的发展，这种方式还是有很大弊端，且加盟者都不愿接受，因为他们对将来的经营业绩没有把握，担心所获利润会小于加盟费用。而采用按收入的百分比提成，双方都更容易接受，加盟者很精确地知道他该付多少钱，如何去计算这个数额，且是在有收益的基础上支付，没有后顾之忧，另外总部的收益直接与加盟店的业绩挂钩，因而会不遗余力地给予全力支援;而总部也可以从加盟者的业务发展中获利，并避免了通货膨胀因素的影响。
