自由连锁商店组织，是由各个资本独立的加盟店以及本部所构成的。自由连锁商店的运营机制，主要有两方面内容：
①限制各加盟店的战略行使。自由连锁商店的加盟店，各自在资本上都是独立的。但是，在经营上不能离开连锁组织而自行随意行使战略。本部限制加盟店经营上的随意性，其目的在于巩固结合体、发挥共同力、创造自由连锁的整体利益。
②战略决策委托给本部(专业集团)。加盟店虽然也是构成本部的成员之一，但是不能直接参与策划本部的战略决策。与其他零售企业相比，自由连锁的优势在于它具有极富竞争力的连锁经营机构(本部)。如果从开展连锁经营的本质来看，就是要用自由连锁经营的专业集团来巩固本部。因此，加盟店把有关战略性的决策职能委托给这种专业集团是最有效的。加盟店把战略性的规划和管理职能委托给本部，就能够专心从事自己的职能即店铺的销售活动。因而，加盟店失去连锁的战略决策职能，是理所当然的。当然，在主导企业与加盟店、或加盟店彼此之间设置“加盟店总会”，就能够把各自的意见反映到本部的战略开发中去。
总之，自由连锁商店运营机制的实质，就是本部与加盟店职能分工、相互合作。本部承担销售职能以外的职能，加盟店只承担销售职能。本部是经营战略的制定者，加盟店是经营战略的执行者。自由连锁商店运营机制的运行，就表现为连锁本部与加盟店全心全意的分工合作活动。本部发挥加盟店所委托的职能，竭尽全力促使加盟店繁荣，并且还通过战略投资把所得利益向加盟店返还。在零售业界的竞争中，自由连锁本部的管理职能及其行使能力的强弱，直接决定着连锁事业的成败。
因此，加盟店要积极努力地配合本部管理职能的发挥。如果本部与加盟店不能形成一体化，则自由连锁的发展就没有希望。
