特许连锁的一个重要特点就是职能的代替和集中化，即加盟店只专心于销售活动，其他各种职能均集中到本部，由本部替代行使。因此，特许连锁本部具有多种职能，主要包括以下八个方面：
①系统开发职能。本部把其他各种职能进行有机组合，以此来推动连锁事业的发展。
②原材料与物资开发职能。本部开发与采购商品和生产商品的原材料以及加盟店需要的各种物资。
③商品与服务开发职能。主要有三个方面：一是开发不同于其他特许连锁商店的独特的新优商品;二是把其商品以合适的价格和合适的销售方法提供给加盟店;三是适应竞争条件和市场条件的变化，及时改变其商品、质量、商品构成和销售方法等。
④教育训练与指导职能。无论是新加盟店还是原有加盟店的人员，本部都有必要进行定期的教育训练。对于加盟店主和从业人员的教育训练以及从业人员的管理，要制定统一的方法，以此来指导加盟店。为此，本部还设有专职指导员。
⑤促销职能。为达到促进加盟店的销售、提高特许连锁企业的形象和普及新产品等目的，本部要开展各种促销宣传活动。
⑥金融职能。本部进行资金援助和融资活动，对于财力弱的加盟店，通过与金融机关协商，采取连带担保的方式，使加盟店取得贷款。
⑦信息职能。本部及时向加盟店提供市场信息、消费动向和业界信息等，收集和加工来自加盟店的销售额等各种数据，作为有价值的销售信息提供给加盟店。
⑧经营管理职能。本部代理加盟店承担销售以外的日常的重复工作和繁杂工作，如销售额、成本、费用、利润和薪金等的计算以及福利(社会保险等)和支付事务等。本部统一处理加盟店的经营统计，进行所有加盟店之间的经营实绩的比较和分析。
