成为吉野家公司的加盟店，要经过一定的加盟程序。店铺在加盟时和加盟后，要向本部交纳一定费用，如加盟合同金、特许权使用费、广告促销费和债务保证金等。加盟店在与本部签约时，要向本部交纳150万日元的加盟合同金。店铺开业所需的各种费用，也要在规定的期限内支付。
合同有效期自开张营业日起到满5年为止，关于期满后的续约，要在满期的1个月之前，根据相互协商决定。在续约时，仍要重新支付150万日元的续约费用。特许使用费(即权利金)，是按照每月总销售额的3%来交纳的。广告促销费用，是按照总销售额的1%来交纳的。此外，加盟店还要向本部预交75万日元的债务保证金，对于债务保证金，一般不支付利息，在合同终止时再返还给加盟店。另外，如果加盟店经营不好，也可提出解约。在退出时，本部也把债务保证金返还给加盟店。但是，加盟店在退出连锁集团之后，在3年之内，不准经营原来业务，即不能经营牛肉饭和炸面圈。
吉野家公司本部企业的职工，也可申请开店。一般是个人出资金，本部提供技术和服务，不收加盟金，但要收取特许权使用费。目前，已有5个这样的加盟店。吉野家还有一个独特的委托运营制度。即加盟店在运营困难时，可把店铺中的牛肉饭的调配和销售等业务的运营委托给本部，然后向本部收取相当于店铺销售额15%的收益。该制度仅适用于区域性连锁店群的第一号分店。
