自由连锁组织由每一个资本独立的连锁分店及由这些分店结成的总部共同构成。其组织结构的设置与正规连锁店大同小异，同样设有连锁店总部及其职能部门，地区性连锁分公司，连锁分店。但总部与分店之间的关系不是刚性的，与其说是领导被领导的关系，不如说是指导被指导，相互协作的关系。连锁店总部及地区性分公司由自由连锁经营中实力较强的大型零售店或批发企业充任，或者是由自由连锁的联合者共同出资组建。连锁销售分店由各成员店自己投资，独立核算、独立经营，与总部没有隶属关系，只是经营活动上的协商和服务关系。但是总部及其职能部门与连锁分店之间的职能分工与正规连锁店相比，却存在比较大的差异。
总部与连锁分店在自由连锁组织中，各自发挥着不同的连锁分店作为承担销售职能的场所，是整个自由连锁作用：组织经济效益的实现者，起着十分重要的作用，但是如果没有强大的自由连锁总部，也就没有连锁分店的繁荣。两者的联合是自由连锁组织的基础，总部与分店共同组成分工协作的职能共同体。
