加盟连锁总部是统率众多加盟店的组织，因此总部的体制极其重要。总部各部门可以分为“加盟店开发与培育部门”和“市场营销与操作部门”。前者包括“劳务与训练”、“新店铺选定”、“设计与建筑”、“总务”等机构;后者包括“广告宣传”、“研究开发”、“店铺营运指导”等机构。在职能分工方面，前者负责不断扩展新兴店铺，保持和维护现有的加盟店;后者负责加盟连锁系统的营运体系。
加盟连锁总部的机能，主要包括以下八方面：
1.系统开发机能。总部把其他各种机能进行有机组合，以此来推动连锁事业的发展。
2.原材料及物资开发机能。开发与采购商品和生产商品的原材料以及加盟店需要的各种物资。
3.商品与服务开发机能。主要有三个方面：一是开发不同于其他加盟连锁和店铺的独特的新优商品;二是把其商品以合适的价格与合适的销售方法提供给加盟店;三是适应竞争条件和市场需求的变化，及时改变其商品、质量、商品构成和销售方法等。
4.教育训练与指导机能。对新的或旧的加盟店的人员，总部都有必要进行定期的教育训练。对于加盟店主和从业人员的教育训练以及从业人员的管理，要制定统一的方法，以此来指导加盟店。为此，总部必须设有专职指导员.
5.促销机能。为达到促进加盟店的销售，提高加盟连锁的形象和普及新产品等目的，总部要开展各种促销宣传活动。
6.金融机能。总部进行资金援助和融资活动，对于财力弱的加盟店，通过与金融机构协商，采取连带担保的方式，使加盟店取得贷款。
7.信息机能。总部及时向加盟店提供市场信息、消费动向和世界信息等，并同时收集和加工来自加盟店的销售额等各种数据，作为有价值的销售信息提供给加盟店。
8.经营管理机能。总部代理加盟店承担销售以外的日常的重复工作和繁重工作，如销售额、成本、费用、利润和薪金等的计算、福利(社会保险等)和支付事务等。总部统-处理加盟店的经营统计，进行所有加盟店之间的经营实绩比较和分析。加盟连锁经营必须兼有直营店，各种加盟连锁店总部都设置和经营数量不等的加盟连锁直营样板店。直营店由总部直接投资经营。其它加盟店各自拥有所有权，但必须遵守契约规定，按总部的要求进行规范化经营，并向总部支付加盟金。
