连锁店最基本的电脑管理结构，大致可分四个部分：公司总部电脑系统，物流中心电脑系统，各连锁店电脑系统，远程联网系统。
1.公司总部电脑系统
公司总部设有总经理室，以及采购业务部、财务部、管理部、发展部等各职能部门，所建的公司总部电脑管理系统，不仅对各职能部门本身实现管理，最重要的是协调各部门间的业务，采集下属各连锁店，仓储中心的信息，进行统一指挥，综合决策。
2.物流中心电脑系统
仓储中心包括配货中心，仓储各仓位管理，它是连锁店商品货物存储缓冲区，也是进货、出货、存货的枢纽，所建立的电脑管理系统，应实现商品库存的静态和动态管理，统一调度商品流向及车辆运输。
3.各连锁分店电脑系统
各连锁分店是整个连锁店企业公司的直接效益生成点，其电脑管理系统，包括电子订货系统、锁售点管理系统以及店内管理信息系统。负责销售点销售信息的收集、统计、分析以及营业报表。管理信息系统MIS负责商品进销调存管理，经营业务后勤支援及辅助经营决策工作。规模大的综合性连锁店需按其经营规模范围，另行考虑不同于一般连锁店的方案。
远程通讯联网系统是为了沟通公司总部，仓储中心及连锁店间信息资料，使整个公司成为一个有机整体，发挥规模效益的重要环节。必须建立可靠的通讯联网硬件和软件，使公司总部及时获得仓储中心及各连锁分店的进销调存业务资料，并能及时将必要的信息传送下去，各连锁店与仓储中心通过联网系统，能加速信息流转，及时反馈进货、发货信息。
