按照总部与各基层单位在组织结构及其管理控制等方面的不同，连锁企业的连锁模式有直营连锁、特许连锁和自愿连锁三种。
1.直营连锁
直营连锁又称正规连锁，是指各连锁店同属一个投资主体，经营同类商品或提供同样服务，实行进货、价格、配送、管理、形象等方面的统一，总部对分店拥有全部的所有权和经营权，统一核算，统负盈亏。
2.特许连锁
特许连锁又称加盟连锁，是指总部同加盟店签订合同，授权加盟店在规定区域内使用自己的商标、服务标记、商号、经营技术和销售总店开发的产品，在同样形象下进行销售及劳务服务。总部对加盟店拥有经营权和管理权，加盟店拥有对门店的所有权和收益权。加盟店具备法人资格，实行独立核算。
3. 自愿连锁
自愿连锁又称自由连锁，是指各门店在保留单个资本所有权的基础上实行联合，总部和门店之间是协商、服务关系，总部统一订货和送货，统一制定销售策略，统一使用物流及信息设施。各门店独立核算，自负盈亏，人事自主，且有很大的经营自主权。
以上三种连锁模式，每一种都有其自身的特点、优缺点及适用性。在实际操作中，很多连锁企业往往采用其中的两种或三种模式混合使用。
