连锁企业一般采取中央集权制，由总部统一筹划，各分店根据授权执行指令。同时，总部又是各分店的后勤部门，积极配合各分店的营业。通过总部的标准化、集中化、专业化管理使各餐饮分店高效运转，避免重复作业及人员浪费。只有组织合理、职能清晰，进行现代化管理的总部才能领导各分店获得较为好的业绩，并迅速发展;而经营良好的餐饮分店又能进一步完善总部的组织功能及服务职能。
餐饮连锁公司总部的目的是要建立一个能向各分店提供全方位服务并及时了解市场动态及对公司经营情况而做出相应决策的专业化体系，并能将各分店的不同的职能部门有效地组合成为一个具有活力的有机整体。
餐饮公司总部直接对下属分店进行管理，一般运用于连锁系统初创时期或区域性连锁公司及小型连锁公司等。总部总经理直接管理市场开发部、营销策划部、营业督导部、原料采供部(配送中心)、财务部、人力资源部等。
