连锁店物流系统的二律背反首先表现在成本和服务水平的二律背反，物流系统的目的是实现商品空间和时间上的转移。有些人以为物流活动的目的是：“以最低成本，在适当的时间将适当的产品送到适当的地方。”这种提法虽然既强调了物流创造空间和时间价值.又体现了进行物流活动所必需的投入，但是这只是一个理想化的目标。并没有多大实际指导意义。任何物流组织都无法做到既提供最大限度的服务，同时又将成本降低到最低限度。为顾客提供最大限度的服务就意味着需要保持大量库存，增加运输费用和多次使用仓库。所有这些都会提高物流成本。而将物流成本降到最低限度就必须减少运输次数，减少库存量和仓库的个数，这又影响到对顾客的服务水平。
所以最大限度地提高服务水平或最大限度地降低成本都不是明智的。明智的做法是：研究顾客需要什么，了解竞争对手能提供什么，以此为基础确定自身的服务水平;在服务水平既定的前提下，最大限度地降低成本。成本和服务水平的二律背反关系告诉我们：应在成本和服务水平之间寻找平衡。物流系统的二律背反关系还表现在物流系统内各环节的成本往往是以相反的方向相互作用。如果要求每一个环节都将成本降低到最低限度，那么就无法提高物流的整体效益。
