为保持中小企业的市场竞争活力，日本政府在鼓励个体经营者发展、鼓励合作研发与创新、促进设备投资等方面制定税收优惠政策。1999年，日本进行税制改革，规定大企业适用30%的法人税税率，而所得800万日元以下的中小企业适用22%的税率。日本的此次税制改革主要措施有两个：①对技术含量高的中小企业所购人或租借的机器设备给予减免所得税待遇。②对信息行业有专门的减税待遇，包括增加25%的科研税务贷款，扣除50%的软件收入，作为用于软件开发的免税储备金;扣除相当于培训软件工程师开支的20%和相当于售价2.5%的金额，用作意外损失储备金;购置用于基础技术开发的资产免征7%的税金等。日本为鼓励中小企业资本性投资，对购进设备的7%进行特别税额扣除或者30%提取特别折旧，但最大限额为法人税额的20%;为鼓励研发，允许从法人税额中扣除年度研发费用，扣除率为研发费的10%，限额是法人税额的12%~14%。
